A cidade foi fundada em 1667 em torno à Igreja de Nossa Senhora dos Remédios, sua padroeira. Teve grande importância econômica devido aos engenhos de cana-de-açúcar (chegou a ter mais de 200), sendo considerada sinônimo de boa aguardente.

 No século XVIII, destacou-se como importante porto por onde se escoava das Minas Gerais, o ouro e as pedras preciosas que embarcavam para Portugal. Porém, com a construção de um novo caminho da Estrada Real

desembocando diretamente no Rio de Janeiro, levou a cidade a um grande isolamento econômico. Este isolamento fez com que suas construções, cultura e tradições ficassem preservadas até os dias de hoje.

Paraty retoma sua importância a partir da década de ’70, com a construção da estrada Rio-Santos tornando-se um dos polos turísticos mais importantes do país e do mundo.

Paraty foi considerada Patrimônio Estadual em 1945, tombada pelo Patrimônio Histórico e Artístico Nacional em 1958 e convertida em Monumento Nacional em 1966.